Llevaba dieciséis años en el primer equipo cuando salió del banquillo para marcar ante el campeón de Europa. Su carrera acabaría un año después, con 700 partidos oficiales y seis títulos, todos con el Deportivo.

El 7 de abril del 2004, Fran entró en el campo por Albert Luque con el Deportivo ganando 3-0 al Milan. Pandiani, Valerón y el propio Luque habían marcado antes del descanso. El 4-1 de San Siro ya estaba remontado por el valor de los goles fuera de casa, pero el margen seguía siendo mínimo: un tanto visitante cambiaba la eliminatoria.
En el minuto 76, el capitán recibió un centro de Víctor Sánchez y remató a la portería de Dida. El balón se desvió en Cafu y acabó en la red. El 4-0 puso al Dépor por delante en el global de la eliminatoria. El equipo de Irureta se clasificó por 5-4 para sus primeras semifinales de la Liga de Campeones.
La celebración de Fran, con los brazos abiertos y la camiseta de Fadesa, quedó asociada a aquella noche. Había salido del banquillo para asegurar la clasificación, después de dieciséis años en un club al que llegó cuando aún jugaba en Segunda.
Cuando el Deportivo todavía jugaba en Segunda
Su debut había llegado el 17 de enero del 1988, con 18 años, ante el Real Burgos. El conjunto coruñés perdió 0-1 en Riazor y Luis Rodríguez Vaz fue el entrenador que le dio la oportunidad. En aquel equipo también jugaba su hermano José Ramón. Quedaban lejos las eliminatorias contra los campeones de Europa.
Fran formó parte de la plantilla que ascendió en 1991 con Arsenio Iglesias. El 9 de junio, dos goles de Stojadinović frente al Murcia devolvieron al club a Primera después de 18 años. El futbolista de Carreira empezó así una etapa en la máxima categoría que acabaría sumando 435 encuentros con la misma camiseta.

Del equipo de Bebeto al campeón de Liga
La llegada de Bebeto y Mauro Silva en 1992 cambió el horizonte del Dépor. Fran mantuvo su sitio en un equipo que pasó de pelear por la permanencia a disputar títulos. La Copa del Rey del 1995 y la Supercopa de aquel verano fueron los primeros trofeos de esa generación.
Con Javier Irureta llegó la Liga del 2000. El capitán compartía equipo con Djalminha, Makaay y Songo’o, entre otros. Dos años después añadió la Copa del Rey del Centenariazo y otra Supercopa. La cuenta quedó en una Liga, dos Copas y tres Supercopas.
Fran fue uno de los tres jugadores que participaron en los seis títulos de aquella época. Mientras cambiaban los entrenadores y se incorporaban nuevos futbolistas, el número 10 seguía siendo el mismo. Ese recorrido explica lo que representaba su presencia en el campo frente al Milan: un jugador de la cantera, formado en el equipo blanquiazul de Segunda, ayudaba a eliminar al vigente campeón europeo.
700 partidos y una despedida junto a Mauro Silva
El 22 de mayo del 2005 disputó su último encuentro en Riazor, ante el Mallorca. La afición despidió con una ovación a Fran y Mauro Silva, que se retiraban al acabar la temporada. El resultado, una derrota por 0-3, quedó en segundo plano durante el adiós a dos futbolistas que habían acompañado la transformación del club.
El Deportivo le reconoce 700 partidos oficiales, la cifra más alta de su historia. No necesitó cambiar de camiseta para jugar en Primera, ganar la Liga o llegar a unas semifinales de Champions. Ante el Milan, el capitán volvió a dejar su huella: salió como suplente y marcó el gol que aseguró la remontada.